比赛场地
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主条目：2020年夏季奧林匹克運動會和夏季帕拉林匹克運動會比賽場館列表
本屆奧運的主場館：位於東京霞丘的國立競技場
東京圈內33個會場中的28個會場集中在奧運村半徑為8公里的範圍內，新建11個場館為永久設施，11個場館為臨時設施[23]。
東京奧運最終預算為1兆3,500億日圓（折合約126億美元）[24]。
遺產區域
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遺產區域（日語：ヘリテッジゾーン，英語：Heritage Zone）位處東京市區、晴海選手村的西北方，區域內的比賽場館多延用1964年東京奧運所使用的場地或其他固有競技場地，並加以改建或翻修而成。其中新落成的國立競技場在奧運會期間暫用「奧林匹克競技場」代稱。
奧林匹克競技場
東京體育館
國立代代木競技場
日本武道館
東京國際論壇
兩國國技館
馬事公苑
武藏野之森綜合體育廣場
東京體育場
武藏野之森公園
東京灣區域
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東京灣區域（日語：東京ベイゾーン，英語：Tokyo Bay Zone）涵括所有環東京灣的場地，位於晴海選手村的東南方，多數為新建或臨時場地。
有明體育館
有明體操競技場
有明都市運動公園
有明網球森林公園
御台場海濱公園
潮風公園
青海都市運動公園
大井曲棍球競技場
海之森越野場
海之森水上競技場
輕艇激流中心
夢之島公園射箭場
東京水上運動中心
東京辰巳國際游泳場
幕張展覽館
其他地區
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大通公園
釣崎海岸衝浪沙灘
埼玉超級競技場
陸上自衛隊朝霞訓練場
霞關鄉村俱樂部
江之島遊艇港口
伊豆自行车馆
伊豆登山車賽場
富士國際賽車場
福島縣營吾妻球場
橫濱棒球場
足球場地
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奧林匹克體育場
東京體育場
札幌巨蛋
宮城體育場
茨城縣立鹿嶋足球場
埼玉2002體育場
橫濱國際綜合競技場
东京Big Sight夜景
非比賽場館
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東京帝國飯店 - IOC本部
晴海選手村
東京Big Sight - 媒體新聞中心、國際轉播中心
志愿者
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志愿者招募于2018年9月26日正式开始。截至2019年1月18日，东京奥组委共收到204,680份申请。2019年1月30日，国际奥委会公布东京奥运会志愿者的正式名称：服务赛场的志愿者被称为“Field Cast”，服务城市的内志愿者被称为“City Cast”[25]。志愿者的遴选工作于2019年2月正式开始。
2020年2月22日，据路透社报道，受2019冠状病毒病疫情影响，东京奥委会推迟了原定于当天开始的志愿者培训工作。东京奥组委强调推迟不会对其他工作造成影响[26]。
安保工作
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2018年12月，东京都政府宣布禁止无人机在奥运会场馆上空飞行[27]。
防疫安排
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主条目：2019冠状病毒病疫情对东京奥运会的影响
参见：2019冠状病毒病日本疫情
2021年3月20日，日本政府宣布由於2019冠狀病毒病疫情（COVID-19）仍然持續及出現變異病毒，日本政府原則上需要拒絕外國人的新入境，因此本屆夏季奧運會及帕拉林匹克運動會將是近代史上首次沒有海外現場觀眾的奧運會[28][29][30][31]。
2021年5月6日，日本政府及國際奧委會宣布已經與美國輝瑞製藥和德國BioNTech達成協議，由輝瑞製藥向本屆夏季奧運會及帕拉林匹克運動會的各國代表團送出辉瑞－BioNTech 2019冠状病毒病疫苗[32]，這些疫苗將於5月底前送交到各國代表團，以便在前往東京前可完成接種兩劑疫苗。國際奧委會表示鼓勵參賽者及工作人員接種疫苗，但不會強制接種[33]，接種疫苗屬自願性質[34]，東京奧運組委會向運動員及傳媒發出的指引亦指出接種疫苗並不是前往東京的條件[35]。
2021年5月28日，日本政府與東京奧運暨帕運組織委員會商討現場觀眾的入場安排，以應對疫情持續甚至擴大的情況，包括將已售出門票進行抽籤，進一步減少入場觀眾的人數，如果疫情擴大或需要閉門作賽，即使已經購票的日本觀眾也不能入場觀賽[36]。
2021年6月20日，东京都政府决定，在东京奥运会及残奥会期间，取消所有公众观赛活动。[37]
2021年7月8日，日本首相菅义伟正式宣布，第四次針對2019冠状病毒病疫情向東京都发布紧急事态宣言[38]，时间范围为7月12日至8月22日，涵盖整个奥运会期间，这也意味着东京奥运会确定将全程在紧急事态下举办[39][40][41][42]。对此，日本奧運擔當大臣丸川珠代表示，东京奥运会基本上不会对任何普通观众开放，比賽空場舉行[43]。同日，國際奧委會、国际残奥会、东京奥组委、日本政府、东京都政府召開五方會談，共同宣布包含主辦地東京都在內的一都三縣（東京、千叶、埼玉、神奈川）之比赛场地採取無觀眾比賽，不安排观众进入比赛场馆[18][19][20]。
2021年7月9日，北海道政府通知东京奥组委，由于其担心以有观众的方式举办赛事，可能会导致民众从各地前往北海道观赛，导致疫情蔓延，故东京奥组委宣布在札幌穹顶体育场举行的足球赛将以无观众形式举行[44]，在札幌举办的马拉松、竞走等赛事也被要求禁止沿途观看比赛。至此，在北海道举办的奥运赛事将全部以无观众形式举行。[45]
2021年7月10日，福岛县政府在前日通知东京奥组委，考虑到日本全国的疫情形势，也借鉴其他地区采取的防疫措施，他们已经决定在县营吾妻球场举办的东京奥运会垒球和棒球比赛将不允许观众入内，从有观众举办突然转变为无观众举办[46]。对此，东京奥组委表示只能“遗憾地”接受相关决定，并希望因此而受到影响的观众对此做法予以理解[47]。至此，允许观众观看的奥运会比赛只剩下场地自行车和足球两个项目，赛场只剩下三个[48][49][50]。
2021年7月16日，东京奥组委公布了防疫準則，要求各國運動員禁止握手或擁抱，以避免不必要的肢體接觸，甚至嚴禁選手們性交。但這項政策卻引發部分選手不滿。年屆52歲的德國前跳遠名將蘇森·蒂德克（英语：Susen Tiedtke）即表示，「選手們以『這種方式』發洩精力是很正常的事情」。疫情下的東京奧運估計將有11000位運動員參加，各國選手齊聚於奧運盛會除了在賽場上拼成績、為國家爭光外，在選手村裡彼此交流也向來相當熱絡。據东京奥组委表示，由於全球疫情尚未消退，本屆東京奧運為了避免爆發群聚感染，嚴禁運動員在奧運期間發生性行為，但仍依照過往慣例，提供選手村15萬個安全套，並告知選手這些安全套可作為紀念品，相比上屆的里約奧運，本屆奧運發放的安全套數量足足少了29萬個。此外，本屆東奧講求環保，選手村內的床架首創以厚紙板製成。[51][52]
此外，国际奥委会主席托馬斯·巴赫日前受訪時也透露在東京奧運会的頒獎儀式上，颁奖者将在赛场上等待运动员，而不是与运动员一起出场，也不会在颁奖期间用握手、拥抱等方式予以祝贺。奖牌和礼物则被放在一个托盘里，颁奖者把托盘拿给获奖运动员，由运动员取走托盘内的奖牌和礼物（即“自助式颁奖”），整个过程双方都不可以有身体接触。另外，每个运动员都只能待在自己的领奖台上，颁奖结束后，运动员们也不能在领奖台上合影留念。[53]
2021年7月21日，东京奥组委透露，因应防疫需要，参加23日在国立竞技场举办的东京奥运会开幕式的人士目前预计约为950人，其中日本国内的相关人士约150人，外国人士800人，其中包括法國總統馬克龍和美国第一夫人吉尔·拜登[54][55]。開幕式仍实施空场方式，不安排其他观众进入开幕式现场。[56]