目前深圳全市有10000个线下网点可以为深圳通充值，学生优惠卡还可以通过“深圳通”微信公众号预约办理，深圳通充值有三种途径可进行办理充值。
充值途径人工充值
持卡人可以在深圳通7个客服网点、118个地铁站点、6000多个有深圳通标志的便利店等进行人工缴费充值
自助充值
在代理深圳通业务的各大银行近4000个多功能终端、银联“易办事”终端接入充值功能，在地铁站点及人流量较大的公共场所布设“自动充值验票机”以及深圳通自助售卡充值机。此两种充值方式都属于线下充值，铺设的网点和终端加起来1万多个。据了解，与北上广等各大城市相比，深圳通充值网点的覆盖面是最广的、充值网点也是最多的
空中充值
深圳通电子商务公司推出了一款手机APP——深圳通“鹏淘”，用户在带有NFC功能的Android手机上通过“鹏淘”可以随时随地充值。深圳通“鹏淘”上线4个多月以来注册用户超过10万，让持卡人足不出户、随时充值
温馨提示由于目前乘坐轨道交通收费方式为记录刷卡进站的时间点后，出站刷卡自动计费，同时为保证换乘优惠政策落实，决定了必须一人一卡，只限于本人使用和享受优惠。
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